慧思，俗姓李，後魏南豫州汝陽郡武津縣（今河南上蔡縣）人。十五歲信仰佛教出家，二十歲受具足戒後嚴守戒律，平時不常和人來往，每天讀誦《法華》等經，數年之間便滿千遍。又因閱讀《妙勝定經》，開始修習禪觀。外出參訪，尋問禪法，常於林野間經行修禪。中間曾往投當時著名的慧文禪師，從受禪法，白天隨眾僧事，夜間專心修禪，結合《法華經》意，悟得法華三昧。他復將自己的領悟，請教於鑒、最諸禪師，得到他們的贊許，聲譽遠播。以後他遊行各州，隨從他學習禪法的徒眾不斷增加。為了給徒眾講習禪學，他著手從大小乘經論中採集有關法門，加以貫穿解說。三十四歲時（548）在兗州講禪法，因徒眾人品複雜，時生是非，遭遇邪師的猜忌謀害，從此中止北遊，率眾南行。先到信州，後入郢州，隨地應請講說大乘。在郢州又遭惡人在食物中置毒加害，徒眾有三人因中毒致死。梁代承聖二年（553），率眾再向南行，到了光州，次年入住大蘇山，在開嶽寺、觀邑寺講《大品般若經》，信眾日增，因此發願寫造金字《般若經》，四十四歲時（558），於光城縣齊光寺實現了寫金字經本並貯以寶函的心願。他極重視這件事的完成，特撰《立誓願文》，敘述自己出家學道、習禪以及在各地遊化迭遭諸異道擾亂毒害，因而發心寫造金字經本的因緣，立誓修禪解脫法、得神通力、弘揚般若、廣度眾生的大願。由於這篇《立誓願文》的流傳，更引起了遠地信眾的歸仰，遠來歸從他的人益多。以後創立天臺宗的智顗，就是在這時不避戰亂，遠來光州師事他的。慧思在光州遊化歷時十四年，乃於陳代光大二年（568）帶了徒眾四十餘人前往湖南、入住南嶽。在那裏繼續提倡修禪，陳地信眾望風歸附，陳主迎他到陳都建業，住棲玄寺，講《大品般若》。他很感慨當時南地佛學界偏重理論，輕視禪觀，於是雙開定慧兩門，日間談理，夜間修禪，同時講說禪波羅蜜，陳主尊他為大禪師，傾動一時。後又還住南嶽，繼續傳授禪法。他平時奉持大戒，衣服只用棉布，寒冬添鋪艾葉以禦風霜，《續高僧傳》特別稱讚他慈行可風。陳太建九年（577），他特從山頂下來，住半山道場，大集徒眾，勸勉勤修法華、般舟三昧，語極苦切，於是年六月卒於南嶽。
慧思年輕時出家，即特別注意行持。自從發心習禪，及參訪諸禪宿以來，更接觸到當時北方佛教學者所特有的躬行實踐的學風，使他深信由定發慧的學道之路。他的禪學思想重視般若，以後到處講說般若，發願守護弘揚，這就使他的禪法盡力於引發智慧、窮究實相。這一傾向，也和他親承慧文禪師的傳授有關。慧文是北齊一代最著名的禪觀學者，他所提倡的禪法即是定慧並重的。特別在慧這方面，慧文對於《大品般若》上講到三種智慧（道種智、一切智、一切種智）可次第證得亦可同時得到的道理，有其獨到的見解。慧思得其真傳，更結合到他自己對於《法華經》的領會，在禪學的理論和實踐上，又提出獨到的說法。在理論上，關於智慧，他根據《法華經‧方便品》，提出窮究諸法實相的「佛之知見」作為一切智慧的最高標準。關於實相，他也根據《方便品》，特舉唯佛與佛乃能窮盡的境界，即所謂諸法如是相、性、體、力、作、因、緣、果、報、本末究竟等十項，為攝一切法實相，且具有圓滿意義的主要內容，並據此建立了所謂「十如」實相之說。又據《大智度論》分析「如」有通別之說（見《智論》卷三十二）以闡明十如相互間的關係。在實踐上，他也結合到從《法華經》上體會到的圓頓法門，用來修習法華三昧，並還具體地推廣應用於日常行事上，倡導了「法華安樂行」的實踐行法。
由於慧思長期持誦《法華》，對它有極深刻的信仰，所以他的中心思想雖屬於《般若》，但更推崇《法華》。認為從佛的教化輾轉增勝上看，《法華》所說要比《般若》更進一步。稱《法華》為大乘頓覺疾成佛道的法門，好像蓮花一樣，一花而具眾果，利根菩薩一心一學，一時具足，非次第入。他曾命其弟子智顗代講《大品般若》，講到一心具足萬行處，慧思特別指示說，《大品》所講還是次弟義，到《法華》才講圓頓義。對於智顗後來創立以《法華》為中心的天臺宗學說，起了決定性的影響。
另外，慧思的思想也和當時開始流行的《地論》、《攝論》的學說有了接觸，多少受到些影響。如關於諸法實相的看法，《般若》、《法華》說一切法無自性、不可得，原從客觀上說，色、心諸法是平等的，慧思則有心法為中心而談諸法實相的傾向（見《無諍三昧法門》卷下），因而和同時講「三論」一系學者的實相觀有所不同。這一傾向，對於以後智顗所倡說的一念三千和圓融三諦等觀心釋的說法，無疑也起了作用。其次是關於心識的看法，慧思認為心法可分為根本心識和枝條心識二類（見《無諍三昧法門》卷下），說六識為枝條心識，是心之相，有假名識、動轉識等異名；六識的本體為根本心識，是為心之性，亦稱為如來藏。他這樣說法，雖未明白主張有八識，而對於心的看法不局限於六識則顯然可見。他把心體聯繫到當時所說的真心、如來藏等概念上去，但沒有很好地加以辨別，所以關於這一方面的見解，多少和後來流行的《起信論》的議論相近，這可能代表了當時一部分習禪者的心識觀。
慧思對於所習諸經論，每有他獨自悟入之處，多結合實踐加以申說，他的著作大都出於口授的記錄，自具體系。見於記載的有《諸法無諍三昧法門》二卷、《立誓願文》、《隨自意三昧》、《法華安樂行義》各一卷，《大乘止觀法門》二卷等。《止觀》一書頗受宋、明以來台宗學者的重視。
慧思的門下頗多，最著名的當推善於發展師說，創立天臺學系的智顗（見本書「智顗」條），其次有新羅人玄光及大善。他如南嶽的僧照、枝江的慧成、江陵的慧威等都著名於一時。玄光將南嶽思想傳入新羅，為以後臺宗教義流行於朝鮮半島的先驅。